המזכירות
המזכירות בבר יוחאי היא ההנהגה הנבחרת של הישוב. חברי המזכירות הינם מתנדבים העושים ימים כלילות לטובת הישוב.
בצד המזכירות ישנם כמה בעלי תפקידים נוספים: מזכיר הישוב, מנהלת החשבונות, המזכירה, הגנן, מנהלת מעון ועוד.
הוועדות
הוועדות בישוב בר יוחאי הן הלב והמנוע של הקהילתיות בישוב.
חברי הישוב מתנדבים בועדות השונות, יוזמים, מניעים ויוצרים אחדות ודיבוק קהילתי בין חברי הישוב.